Primero, no es "jackeo", sino que es "hackeo". Segundo, creo que te refieres a "crackear", es decir, a evitar seguridades del Software o encontrar vulnerabilidades. Y por último, si necesitas averiguar de como desarrollar con segudirad, hay varios libros y textos en internet que hablan sobre el tema. Creo que la mejor estratégia es leer, leer leer y leer para conocer mas de como funciona todo eso, y de tomarte el tiempo de probar tus aplicaciones.

bueno se escribe hackeo y en realidad a eso se le llama cracking puedes investigar mas en la red, la mayoria consisten en ver la memoria directamente cuando el soft esta cargado en ella y modificar al poner puentes entre ciertas condiciones, es decir si tenemos un soft que dice A->B->C al modificarlo queda A->C y evita la condicion que te esta restringiendo

pues para el caso de paginas web lo que uno siempre debe de cuidar es el ataque por sql injection si tu sitio es vulnerable entonces desarrolla rutinas para atrapar palabras clave del lenguaje como alters o drops o aquellas que tengan que ver con niveles de seguridad mas elevados.
crea usuarios para tus bases de datos y especificales permisos solo a aquellas tablas a las que tenga que accesar .
hay mucho por hacer para evitar el hack/crak