tengo a bien decirte que usando un metodo correcto para la instalacion en limpio de tu windows, no tendras ningun tipo de problema con eso de virus...
permiteme esplicarte cual es el paso mas facil para mi a la hora de formaterar pc que tienen virus..
primero bootear la pc con algun cd de windows xp live con un disco duro externo ya sea como esclavo o en mi caso un dico duro conectado via USB (en algunos foros lo encuentras)
segundo cuando sube el xplive usar un programita que se llama NEMO para hacer el copiar y pegar de los archivos importantes de la pc infectada.(no te preocupes por copiar carpetas completas) estas se copiaran en tu disco duro via usb con todo y virus si es que este se encontrara en alguna carpeta que no se adel sistema..
luego de hacer el back up debes retirar el cd de xplive para hacer una instalacion limpia de tu sistema oerativo que prefieras..
luego de la instalacion instala un antivirus y actualizalo y actualiza todos los archivos nesesarios en tu sistema operativo cualquiera que hayas elegido para instalar.
luego de esto y solo cuando tengas ya tu antivirus actualizado conecta tu disco usb y antes de abrirlo pasa el antivirus para que elimine todo vicho raro que haya viajado en la mudansa del backup que hiciste anteriormente..
luego de esto procede a copiar todos tus archivos sin miedo alguno de infeccion por parte de el molesto virus que tenias antes en tu pc..
espero que estas indicaciones te funcionen, a mi la verdad que no me fallan.
las herramientas que yo utilizo son Windows Xp Fundamental for Legacy PC que es totalmente original y gratis el antivirus es el Security Essencial que tembien es totalmente Gratis Tambien..
cualquier duda me escribes..