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Bueno compañerito

Las principales diferencias casi no se notan porque se hicieron como base para la programación avanzada.

Los cambios que mas se pueden observar son algunas librerias para mejorar la presentación de las páginas, y las comunicaciones en cuanto a web services.

Otro cambio es la incorporación de LINQ y las interfaces con otras suites de Microsoft como Expression Web, Sharepoint y el Office 2007.

Si quieres saber más de cada tema te recomiendo que investigues en el sitio de microsoft, puedes obtener mas cosas de ahi que en estos foros.

Creo que tu pregunta va más orientada hacia que versión del framework te conviene utilizar... cierto?

Si es así, la recomendación sería que empezaras con la 3.5 (Viene con el VS 2008) ya que tiene muchísimas más cosas que el 1.1 (VS 2003) como Linq, WCF, WWF, etc, etc, etc.

saludos

Si vas a trabajar con consola, me imagino que será lo básico de la programación, te basta por ahora con VS 2003, pero cuando empieces a hacer app para Windows, sin duda VS 2008 debe ser tu elección, sobre todo por que ya viene VS 2010 y el framework 4.0, asi que es mejor que te vayas habituando a lo más reciente.

Deberías quedarte con la versión más antigüa, eso te asegura que tús proyectos se puedan abrir bien en los computadores de tú cole (los proyectos de una versión vieja se pueden abrir en una nueva, pero no al reves).