Estás bastante confundido.

Si el disco duro está infectado, lo primero es intentar desinfectarlo, después respaldar la información que necesites (tareas y cosas así, no tiene caso respaldar programas que bien puedes reinstalar después), una vez hecho lo anterior, procedes a darle formato al disco duro y a reinstalar windows, en ese mismo orden.

Saludos.

Primero respalda tus datos y luego formatea.....

Como dicen primero desinfectalo en otra compu poniendolo como esclavo, luego respalda la información (en otro disco o dvd's), después lo formateas y al final instalas Windows y vuelves a pasar la información....
Si formateas antes de respaldar es probable que ya no puedas recuperar la información.....

mira es mejor meter un live windows aqui en el foro hay varios, desde ahi puedes respaldar, otra es mete avira, tendras que desinstalar antes el antivirus que tengas, de ahi, debes de actualizarlo, escanea, pasale un anti-espia, y ahora si, respalda tus datos, despues de que ya tengas tus datos a salvo, ahora si dale formato e instala windows denuevo, si tienes duda de como postea y espero poder decirte paso a paso.

puedes usar el acronis para evitarte pedos futuros, sin duda respalda tu info como te dicen otros, pero como este tema ya tienes sus dias seguro ya hiciste el formateo, pero buscate el acronis, te haces tus particiones, y cuando un virus o algo pase nadamas ejcutas el acronis y bum, recuperas tu compu con una configuracion que tu previamente hayas hecho, puedes tambien en esa configuracion dejar programas utiles o los que mas uses, o paqueterias como el office, y bingo, te libras de pedos, y no hay necesidad de esperar a instalar programas, si necesitas tu compu, ya estaran ahi esperandote