Si es una aplicación comercial, te sugiero que utilices una base de datos, para el manejo de tarjetas y clientes deben ser unas cuantas tablas las que debes crear. La base de datos te permitirá almacenar de mejor manera la información que necesites, ofrece mejores maneras de administrar y dale mantenimiento a dicha información.

El uso de archivos para el manejo de información podría ser útil en este momento, pero cuando necesites consultas o reportes sobre dicha información, se te dificultará demasiado, eso sin contar que posiblemente la información que manejes crezca cada día más, o bien necesites almacenar más información: facturas, ventas, detalles, históricos, etc. Además deberás proteger dichos archivos, encriptarlos, el acceso, etc. También deberás cuidar la manera en que relacionarás a los clientes con las tarjetas y los saldos. En definitiva, manejar archivos solo te supondrá más trabajo, y todo esto para obtener un rendimiento menos eficiente que si manejaras una base de datos.

La mayoría de manejadores de bases de datos (DBMS) poseen controladores para integrarlos con los lenguajes de programación. Por nombrar un DBMS puedes utilizar MySQL. Investiga sobre esto y cuando tengas algo más concreto te podemos seguir ayudando.

Con respecto a la captura de los caracteres de la tarjeta, supongo que estás creando una aplicación de escritorio, con una GUI. Con los objetos ya definidos que te ofrecen algunas librerías de Java (cuadros de texto, etiquetas, etc.) no debería ser dificil capturar esta información. ¿O estas manejando una aplicación de tipo consola?

Saludos