Con esos ke mencionas no debes tener conflicto. El comodo es un software del tipo firewall y el otro es más un scanner de malaware. Donde si puede haber incompatibilidad es cuando ejecutas el malawarebytes y tienes un antiviruz activo (ya ke cuando el malawarebytes detecte un malaware posiblemente tu antiviruz también lo hara y ahi es cuando entra en conflicto), para ello siempre recuerda desactivar el antiviruz y posteriormente correr el malawarebytes (de preferencia en modo a prueba de fallas y deshabilitando restaurar sistema). Al terminar no olvides volver a activar tu antiviruz.

SALUDOS.