Hola Karedy, al taller de reparaciones me han traido varios equipos con  problemas de archivos que windows no encuentra para arrancar de forma  correcta lo que te recomiendo es que ya que trataste de instalar una  copia nueva de windows lo que debes de hacer es primero descargar el  Hirens Boot como te indica MMX, aqui esta el link (   
http://www.megaupload.com/?d=ZOG6AFWY ) para que lo descarges luego  seguiras estos pasos:
Paso 1- Bootea con el Hirens Boot
Paso 2- Inicia en la parte que dice Dos BootCD
Paso 3- Luego ve a donde dice Testing Tools
Paso 4- Selecciona PC-Check y espera a que carge el programa de chequeo  de hardware
Paso 5- Despues de que carge veras un menu donde seleccionaras Advance  Diagnostic Tests
Paso 6- Ve al menu que dice Stress Tests y selecciona System Stress  Tests
Paso 7- Luego quita la opcion Yes que veras al lado de casa dispositivo  dejando a cada uno como NO y dejaras el de Do Hard Disk Testing como Yes  para que haga la prueva
Paso 8- Y para empezar la prueva ve a Perform Test y espera 
Lo normal es de 20 Minutos de Prueva
Paso 9- Si la prueva termina sin problemas y el programa te dice Passed  es porque no tienes problemas y seguiras con el paso A, y si el programa  se Fiza o te dise Hard Disk Fail en rojo seguiras el paso B que esta  abajo tambien.
Pasos A
Paso 1- Iniciaras el computador con el CD de Hirens Boot nueva mente
Paso 2- Iras a la parte que dice Dos BootCD
Paso 3- Luego ve a donde dice Partition Tools
Paso 4- Selecciona el programa Acronis Disk Director
Paso 5- Cuando carge el programa veras una ventana que dice en que modo  quieres particionar seleccionaras Manual Mode
Paso 6- Ahora veras tu disco y deveras borrar todas las Particionas y  luego hacer una como Primaria o haras dos particiones com quieras es  facil solo hay que leer
Paso 7- Cuando termines perosiona el icono que tiene forma de bandera de  carreras y el proceso de particionado comenzara
Paso 8- Cuando termine, cierra el programa, saca el cd entra el de  windows y preciona (Ctrl + Alt + Del) y se reiniciara el equipo
Paso 9- Inicia el programa de instalacion de windows y sigue todos los  pasos pero cuando te pida formatear la particion C: selecciona la opcion  (Dejar Intacto el sistema de archivos actual) para que simplemente  copie los archivos porque ya utilizaste un programa para formatearlo que  es el del Hirens Boot
Paso 10- Ya esto te toca a ti.
Pasos B
Paso 1- Iniciaras el computador con el CD de Hirens Boot nueva mente
 Paso 2- Iras a la parte que dice Dos BootCD
Paso 3- Luego ve a donde dice Hard Disk Tools
 Paso 4- Selecciona el programa HDD Regenerator
 Paso 5- Cuando carge el programa te preguntara que disco quieres  escanear precionas el indicado con el numero que le corresponde y  preciona Enter
Paso 6- Luego preciona 1 y Enter dos veses para Escanearlo y repararlo y  espera un buen rato
Paso 7- Si el disco termina y el programa regenera todos los sectores  sigue el paso A que esta arriba, pero si te dice que debes Reiniciar el  equipo sigue el paso C que esta abajo.
Pasos C:
Sigue los Pasos que muestra el tipo que esta en Youtube
http://www.youtube.com/watch?v=0cWmpnyn2kk
Luego de que hagas Halgo me avisas