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Y que programas tienes instalados ("aplicaciones" solo se me ocurren las Actualizaciones Automaticas configuradas corriendo automagicamente)
Ares? Limewire? Emule? algo/algun mas/otro?
Obviamente no entendiste mi comentario
Tambien puede probar con un livecd de Linux y correr un(/algunos) antivirus online
agree
y ya con eso solo lo borras con el livecd ;)